Nhưng giờ đây, hồ đang bị xâm lấn, trở thành ao tù, nơi chứa nước thải.Rất nhiều cống, kênh mương lớn, như 3 cống phía bắc Hoàng thành, từ Kim Thủy thông với Ngự Hà, nay đã bị nhà cửa đè lên, mất dấu vết. Cống thông từ Ngự Hà sang hồ Học Hải, hồ Tịnh Tâm hiện bị người trồng rau đắp đê chặn dòng chảy.Riêng Ngự Hà, nguyên là dòng sông, xương sống của hệ thống thủy lợi – giao thông trong kinh thành, dù đã được nạo vét cách đây vài năm, nhưng đầu vào (cống Thủy Quan) vẫn chưa được lưu thông và đang trong tình trạng ao tù.Hầu hết các hồ ở Tây Lộc, Thuận Thành, Thuận Lộc đều không còn được lưu thông, ở trong tình trạng ao tù, là nơi đựng chất thải của cư dân quanh vùng. Điển hình như hồ Sấu, trước sâu đến 3 m, nay đáy là một bãi rau muống cạn. Hồ Tịnh Tâm, Học Hải sâu 4 m, nay mặt chỉ đủ để thả sen, trồng rau.

Sự xâm lấn vô tội vạ của các nhà dân quanh hồ đang ở mức báo động đỏ, một số hồ đã biến mất. Hồ Thanh Ninh đang bị nhà dân lấn chiếm và gần xóa sổ. Cách đây 10 năm, hồ Võ Sanh bị UBND phường Thuận Hòa san lấp một phần, để xây dựng dãy kiốt cho thuê.

Hiện nay Trung tâm bảo tồn di tích cố đô chỉ quản lý 4 hồ trong khu vực Hoàng thành. Các hồ khác đều thuộc quyền của UBND thành phố, UBND lại giao cho các phường sở tại quản lý (đa số cho dân trồng rau, sen, thả cá) hoặc giao cho Công ty Dịch vụ sản xuất nông nghiệp nuôi cá. Việc quản lý lỏng lẻo, chỉ quan tâm đến lợi ích kinh tế khiến các hồ đều trong tình trạng bị ô nhiễm, xâm lấn. Ngay cả cấp quản lý thành phố cũng không biết gì nhiều về hệ thống ao hồ.

Từ năm 1993, Trung tâm bảo tồn di tích cố đô đã có một đợt khảo sát, điều tra kỹ về ao hồ trong kinh thành. Sau đó, Trung tâm đã gửi văn bản bao gồm thực trạng và một số kiến nghị trong công tác gìn giữ, tôn tạo hệ thống hồ lên UBND thành phố, tỉnh. Và hồ đã nằm trong quy hoạch phát triển đô thị của thành phố. Thế nhưng hiện nay tất cả vẫn dừng lại ở kế hoạch, dự án.

Rất nhiều hồ trong kinh thành Huế được xem là di tích lịch sử, cảnh quan văn hóa nổi tiếng gắn liền với vương triều nhà Nguyễn, với di sản cố đô Huế như: hồ Ngọc Dịch, Thái Dịch, Kim Thủy trong và ngoài; hồ Sấu nuôi cá sấu phục vụ giải trí cho vua; hồ Tịnh Tâm – một thắng cảnh nổi tiếng bậc nhất kinh kỳ mà thơ ca dân gian cũng như bác học vẫn còn lưu truyền.

Theo cecr.vn